A menudo se confunde Agricultura Ecológica con Agricultura Integrada, pero no es lo mismo.

La Agricultura ecológica es el sistema de manejo que promueve y fomenta la biodiversidad, los ciclos biológicos y la actividad biológica del suelo, basándose en un uso mínimo de elementos externos a la explotación y manteniendo la armonía ecológica. Su reglamento es el 834/2007; mientras que la Agricultura Integrada se basa en la reducción del uso de fertilizantes, productos fitosanitarios o combustibles fósiles, de manera que se utilicen solamente cuando sea estrictamente necesario y siempre con una justificación técnica. El Real Decreto 1201/2002, de 20 de noviembre define y establece las normas que deben seguir las explotaciones con agricultura integrada.